Em 1525 ingressa na Universidade de Paris, centro teológico da Europa, para começar os estudos. Conhece Inácio de Loyola e torna-se um dos sete membros iniciais da Companhia de Jesus. Na Capela de Montmartre, em 15 de agosto de 1534, faz votos de pobreza e castidade e promete dedicar-se ao trabalho de salvar a alma dos crentes e dos não crentes. Completa os estudos em 1537.
Ordenado padre no mesmo ano, dá início na Itália, com outros membros da Companhia de Jesus, a um trabalho espiritual que atrai muitos governantes católicos. Entre eles, o rei João III, de Portugal, que deseja enviar padres para disseminar o catolicismo em seus domínios na Ásia. Francisco Xavier parte para a Índia na mesma época em que o papa Paulo III reconhece formalmente a ordem da Companhia de Jesus.
Desembarca em Goa em 1542 e passa os três anos seguintes ao lado dos pavaras, pescadores de pérolas do sudoeste indiano. Parte para o arquipélago malaio em seguida, onde evangeliza a população de Malaca. Leva o trabalho da Companhia até o Japão entre 1549 e 1551. Morre de febre em uma aldeia da China. É canonizado em 12 de março de 1622.