Sabe-se atualmente não apenas que a cidade de Tróia de fato existiu mas que era constituída de várias cidades sobrepostas. No final do século XIX, o arqueólogo Schliemann e seu ajudante Dörpfeld, realizando escavações na colina de Hissarlik, localizada na atual Turquia, descobriu que existiu de fato não somente uma, mas nove Tróias. Cada vez que uma Tróia era destruída, seja por causa natural como terremoto ou por motivos outros, incêndio por exemplo, outra cidade homônima era erigida sobre seus escombros. As sete primeiras eram protegidas por sólidas muralhas e existiram entre 3.000 a.C. e 1.100 a.C., e as duas últimas entre 700 a.C. ao século IV d.C.. Mas não é só isso.
Sabe-se também que de fato, houve uma guerra na qual os gregos lograram destruir Ílion, outro nome de Tróia. Com base em exaustivos estudos que analisaram o tipo de construção utilizado, os restos de crânios e as ossadas encontradas, chegou-se á conclusão de que Tróia VII era sem dúvida a mesma Tróia que serviu de palco para a Ilíada de Homero.
Os motivos da guerra histórica parecem estar relacionados a sua privilegiada localização geográfica, e por conseguinte à questões político-econômicas. A guerra mítica, porém, teve suas sementes lançadas quando Éris lançou a maça de ouro entre às vaidosas Hera , Atená e Afrodite . Ninguém ousava decidir a quem pertencia pois como estava destinado “À mais bela”, temia-se um choque de vaidades pois obviamente, duas seriam preteridas. Páris , eleito por Zeus como juiz da questão, seduzido pela promessa de obter a bela Helena, deu a vitória a Afrodite. O jovem e ousado tebano rumou para Esparta e encantou com sua beleza e juventude a formosa esposa do rei Menelau, e juntamente com um tesouro recolhido às pressas, a levou consigo para Tebas.
O rei espartano mandou chamar seu irmão Agamemnon , rei de Micenas, e o elegeu comandante supremo da armada grega, o qual imediatamente evocou um antigo acordo realizado no passado entre a quase centena de jovens que queriam casar-se com filha de seu irmão. Este, na época, temendo que os pretendentes de Helena iniciassem uma guerra entre si, aceitou o conselho do herói Ulisses. Segundo este, formulou um pacto entre os candidatos onde cada um deles aceitaria a decisão da noiva, visto que seria ela quem escolheria seu futuro marido. Além disso, se algum dia esse eleito sofresse qualquer tipo de ameaça ou ataque, os demais viriam em seu auxílio, prestando-lhe incondicional ajuda. Reuniram-se grandes nomes, reis e heróis no porto de Áulis na Beócia, mas devido a alguns incidentes, como por exemplo a calmaria enviada por Ártemis como castigo a Agamemnon e que resultou no sacrifício de Ifigênia, a armada ainda tardou alguns anos em zarpar.
Quando enfim a guerra começou, os gregos já sabiam por intermédio de Calcas, o adivinho, que seriam dez anos de muita luta e sangue derramado. A favor dos aqueus, denominação dada por Homero aos gregos que lutaram em Tróia, as duas deusa preteridas por Páris, Hera e Atená, que viram nas circunstâncias uma excelente ocasião para vingar-se, além do apoio de Hefesto e Posídon . Do lado troiano, Afrodite, defensora de Páris, Apolo , Ares e Ártemis.
A guerra atingiu seu ponto culminante decorridos nove anos de seu início quando ocorreu o célebre desentendimento entre Agamemnon e Aquiles. Cada um deles tinha capturado para si uma escrava de guerra, Criseide e Briseis, respectivamente. O pai da primeira, um sacerdote de Apolo chamado Criuses, reivindicou a filha mas o rei de Micenas se negou a devolvê-la. Apolo atendendo o pedido de seu sacerdote, enviou uma terrível peste ao acampamento dos gregos e Calcas aconselhou que a escrava fosse devolvida porque somente desta maneira, poderia tal flagelo terminar. Agamemnon então concordou em devolver Criseide mas tomou para si Brises. Aquiles , ferido em sua honra, ao ser-lhe tomada sua escrava favorita, retirou-se da guerra.
Tal fato acarretou muitas derrotas para os gregos, porque conforme já havia predito Calcas, Tróia não poderia ser tomada sem a presença do herói filho de Tétis. Embora Agamemnon, ouvindo os conselhos do sábio Nestor, lhe houvesse enviado de volta a escrava juntamente com muitos presentes, Aquiles permaneceu inflexível em sua decisão de não mais retornar à peleja. Tampouco deu ouvidos à Ájax e Ulisses, enviados como embaixadores para tentar a reconciliação. Mas um acontecimento veio alterar sua decisão já que Pátroclo, seu grande amigo e companheiro, aflito com a derrota que os aqueus vinham sofrendo, pediu ao amigo que lhe emprestasse suas armas.
Com a armadura e o capacete do amigo, enganou a todos, pois pensavam tratar-se de Aquiles que retornava ao combate. A vitória começou a sorrir novamente aos gregos, pois sob o disfarce do amigo, Pátroclo matou numerosos adversários até lque Apolo, que colocava seus préstimos aos troianos, deu fim ao engodo. Com a ajuda de Apolo, que fez rolar seu capacete Heitor, filho de Príamo, matou o herói quando este tentava atingir seu cocheiro. A morte do inseparável amigo provocou em Aquiles uma dor terrível e um desejo de vingança irrefreável, fazendo com que passando por cima dos ultrajes sofridos retornasse à batalha decidido a matar o assassino de Pátroclo. Heitor não era apenas um herói. Embora fosse filho do rei, era ele quem detinha o poder, e se não de direito, governava Tróia de fato. Era muito amado pelo povo que o honrava e respeitava quase como se venera a um deus. Aquiles, após uma longa luta, trespassou com a lança a garganta do inimigo e arrastou Heitor amarrado a seu carro dando voltas à cidade.
Príamo querendo dar asa honras fúnebres devidas ao filho implorou aos adversários que lhe devolvessem os despojos do príncipe, abandonado em campo grego. Aquiles apiedou-se do rei e resolveu atender-lhe o pedido e assim, Heitor foi sepultado com todas as honras que tinha direito.
Muito sangue já havia sido derramado, Aquiles já havia terminado sua vida de glórias e Páris, embora causadora da guerra, um guerreiro medíocre também já havia descido aos Infernos. Nove anos já durava a guerra quando Calcas declarou que somente Heleno, adivinho tebano e filho de Príamo poderia revelar com exatidão o desfecho de tão sangrenta batalha. O príncipe foi capturado e aprisionado pelos gregos, acabando por revelar-lhes sob quais condições se sairiam os aqueus vencedores. Eram elas em número de três. Na primeira seria necessário trazer para a guerra Filoctetes por causa de suas flechas, herança de Héracles .
Na segunda, os gregos deveriam obter a participação de Neoptólemo, filho de Aquiles com a filha de Licomedes e por fim, a terceira, os aqueus teriam que tomar o Paládio, pequena estátua de madeira, representando Atená e que garantia a integridade da cidade que a possuísse. Todas as exigências foram cumpridas e ao realizar a terceira delas, Ulisses, tomado de grande inspiração,enviada por Atená começou a traçar o esboço daquilo que poria fim definitivamente à Tróia e consequentemente à guerra: o Cavalo de Tróia. Talhado em madeira das melhores árvores, era uma gigantesca construção oca, em cujo interior cabiam numerosos soldados, foi deixado junto às muralhas da cidade, juntamente com Sínon, guerreiro aqueu, que declarando-se um desertor, persuadiu os adversários a receber o cavalo recheado dos mais valentes guerreiros estes liderados por Ulisses.
Cassandra e o sacerdote Laocoonte tentaram inutilmente fazer seus compatriotas não acreditar em suas palavras e impedir que o cavalo adentrasse em hipótese nenhuma os muros da cidade, mas não foram ouvidos. Na praia, enquanto isso, o restante dos soldados esperavam o momento certo para atacar dentro de suas embarcações. Chegada a noite, os gregos, saindo do interior do cavalo deram início à batalha final. Através de um sinal, avisaram aos exércitos gregos situados nas naus e saquearam e incendiaram Tróia.
Muitos reis e heróis de renome lutaram na guerra contra Tróia como Agamemnon, Aquiles, Odisseu , Pátroclo e Menelau, mas muitos outros também contribuíram de forma significativa para a vitória dos aqueus sobre os troianos. Telamão, rei da Salamina era companheiro de Héracles e a seu lado remava na embarcação Argo em cuja expedição celebrizou-se como um dos mais valentes Argonautas . Entretanto, devido à sua avançada idade, não pode partir para Tróia e por isso enviou seus dois filhos, Ájax, filho de sua união com Peribéia, princesa de Mégara e Teucro, nascido de Hesíone, filha do rei troiano Laomedonte e irmã de Príamo. Ájax foi depois de Aquiles, o mais valente dos gregos e depois de sua morte disputou com Odisseu suas armas.
Como perdesse a competição, foi tomado por um acesso de loucura, massacrando todos os rebanhos do acampamento, pensando estar diante do inimigo. Quando voltou a si deste delírio, envergonhado, cravou a espada em seu próprio peito matando-se. Teucro, seu irmão, era considerado o melhor dos arqueiros, foi um dos soldados que se ocultou dentro do cavalo de Tróia. Por não ter impedido seu irmão de matar-se, seu pai, foi expulso de negligência por seu pai que o expulsou posteriormente do país.
Um segundo Ájax, filho de Oileu, rei dos locros, um dos povos que primitivamente habitavam a Grécia, se sobressaiu na peleja, pois era valente e intrépido, assumindo o comando de quarenta naus durante o cerco de Tróia. Contudo, além de brutal e cruel, era conhecido por seu habitual desrespeito aos deuses. Após a queda de Ílion, violentou Casandra dentro do templo de Atenmá e quando a deusa o castigou fazendo-o naufragar com toda sua esquadra, o herói com toda sua arrogância bradou “Escaparei malgrado dos deuses”. Isto aumento ainda mais a cólera da deusa que deu cabo de sua vida fulminando-o com um raio.
Filoctetes recebeu de Héracles, de quem era fiel companheiro, suas terríveis flechas envenenadas em troca da promessa de jamais revelar a quem quer que fosse o local onde estavam sepultadas as cinzas do herói. Contudo, por não ter cumprido seu juramento, foi castigado ao partir para a guerra de Tróia, foi picado por uma serpente ou segundo outra versão uma das flechas lhe caiu sobre o mesmo pé com o qual mostrara o local da sepultura de Héracles, formando-se uma ferida aparentemente incurável. Esta produzia um cheiro tão insuportável que Odisseu e seus companheiros resolveram abandoná-lo na ilha de Lemnos, onde ficou isolado por dez anos. Mas, depois da morte de Aquiles, Ulisses, Diomedes e Neoptólemo voltaram a Lemnos para reconduzí-lo a Tróia porque, conforme a previsão de Heleno sem a presença de Fiolotectes e das armas Tróia não seria tomada.
Diomedes era neto de Eneu, rei do Calidão, distinguiu-se sobremaneira entre os heróis gregos a ponto de ser considerado como o mais bravo do exército, depois de Aquiles e de Ájax I. Comandou os etólios no cerco de Tróia, participou juntamente com Odisseu da busca a Aquiles e Filotectes, e na captura do Paládio. Muito querido por Atená que o auxiliava e protegia, matou vários guerreiros com as próprias mãos, lutou bravamente contra Heitor e Enéias chegando ao ponto de atacar até mesmo aos deuses Ares e Afrodite, que vinha na defesa de seu filho Enéias.
Também participaram com destaque os aqueus, Nestor, que tentou conciliar as discórdias entre Agamemnon e Aquiles, Idomeneu, rei de Creta que comandou uma frota de oitenta navios e penetrou na cidade dentro do cavalo de madeira, Sínon, quando fingindo-se um desertor grego, persuadiu os troianos a abrirem uma ferida em suas muralhas a fim de introduzirem a gigantesca construção para dentro da cidade, afirmando que de posse do cavalo, um presente dedicado a Atená, os troianos se tornariam vitoriosos. Protesilau, filho do rei da Tessália, partiu para a guerra no dia seguinte a seu casamento, comandando uma frota de quarenta navios. Ao chegar ao terreno inimigo, ninguém se atrevia a desembarcar, temendo o oráculo que havia previsto que o primeiro guerreiro grego que tocasse o solo adversário seria morto.
O herói então se entregou para a salvação do exército, desembarcando do navio. Foi imediatamente abatido por Heitor. Palamedes, filho de Náuplio, quem desmascarou Odisseu que fingindo-se louco, pretendia escapar à convocação para a guerra; Neoptólemo, filho de Aquiles, que matou Eurípilo, Élaso e Astínoo e Príamo; Epeu, a uem se lhe atribui a construção do Cavalo de Tróia.
Do lado adversário, os principais heróis troianos além dos já mencionados foram Enéias, de quem se tratará isoladamente, Sarpedão, filho de Zeus e Laodamia; os adivinhos Heleno e Cassandra; Laocoonte, sacerdote de Apolo, que opôs-se ferozmente ao acolhimento do Cavalo de Tróia; Anquises, mais conhecido na mitologia por sua ligação com Afrodite, da qual nasceu Enéias; Antenor, velho companheiro de Príamo e que foi acusado injustamente de trair os troianos porque recebeu os gregos em sua casa para propor que a posse de Helena fosse resolvida através de diálogo entre Menelau e Páris.
Após a morte de Páris, Helena havia se unido com seu irmão Deífobo, mas mesmo assim Menelau não desistiu de ir em seu encalço. Quando encontrou o casal, primeiro se encarregou de eliminar Deífobo e em seguida, quando se preparava para matar a esposa, esta lhe apareceu seminua o que fez Menelau reconsiderar e resolver reatar seu casamento com Helena. A guerra havia terminado e os dois empreenderam uma viagem de regresso a Esparta que devido aos inúmeros obstáculos encontrados só terminou depois de decorridos oito anos.