Sete anos depois já é sócio da firma. Abre em 1846 uma pequena fábrica de navios em Niterói (RJ), que, no ano seguinte, se torna a maior do país. De 1852 a 1856 funda empresas de navegação e cria a primeira ferrovia brasileira, entre Petrópolis e Rio de Janeiro.
Monta uma companhia de gás para a iluminação da capital federal e inaugura o trecho inicial da primeira rodovia pavimentada do país, entre Petrópolis e Juiz de Fora. Participa da construção de três ferrovias e da instalação dos primeiros cabos telegráficos submarinos entre Brasil e Europa. Por volta de 1860 cria o Banco Mauá, MacGregor & Cia.
Deputado liberal, abolicionista e contra a Guerra do Paraguai, entra em atrito com as autoridades imperiais. Suas fábricas sofrem sabotagem e os negócios são abalados pela sobretaxação de importações. Em 1875, o Banco Mauá vai à falência. Vende a maioria das empresas e, até morrer, em Petrópolis, tenta pagar suas dívidas.