José Carlos do Patrocínio nasce em Campos dos Goitacases, Rio de Janeiro. Filho de uma escrava e de um cônego, recebe o sobrenome no dia do batismo, realizado em novembro, mês em que a Igreja Católica comemora o patrocínio da Virgem.
Aos 14 anos muda-se para o Rio de Janeiro e torna-se aprendiz na Santa Casa de Misericórdia. Forma-se em farmácia em 1874, mas não chega a exercer a profissão. Prefere dedicar-se ao jornalismo e, no ano seguinte, funda o jornal mensal Os Ferrões, no qual se destaca como polemista. Trabalha também na Gazeta de Notícias e, depois de passar algum tempo no Ceará para relatar os efeitos da seca, escreve o livro Os Retirantes (1879).
Casa-se, em 1881, com uma moça branca, desafiando a sociedade racista da época. Com dinheiro emprestado pelo sogro, compra o jornal Gazeta da Tarde e intensifica os discursos a favor da abolição da escravatura e da República. A publicação não dura muito tempo e, em 1887, Patrocínio institui o jornal A Cidade do Rio de Janeiro. Admirador confesso da princesa Isabel, é visto com maus olhos pelos governantes. Após a Proclamação da República, passa 18 meses na Europa e, ao retornar, escreve um manifesto contra Floriano Peixoto, o que lhe vale um período de prisão em Cucuí (AM). De volta ao Rio, em 1893, desafia novamente o governo federal, apoiando a Revolta da Armada.
É obrigado a fugir e seu jornal tem a circulação suspensa, voltando a funcionar apenas dois anos mais tarde. Nos últimos anos do século XIX, sua atenção é atraída pelas novas conquistas tecnológicas. Traz, da França para o Brasil, em 1892, o primeiro automóvel movido a gasolina do país. Morre no Rio de Janeiro, enquanto redige um artigo saudando a Revolução Russa de 1905.